Pervez Musharraf merupakan anak kedua dari tiga beradik, dilahirkan di Nahr wali Haveli Daryaganj di Delhi, British India pada 11 Ogos 1943. Selepas Pembahagian India 1947, Musharraf dan ibu bapanya berhijrah ke Karachi di Pakistan.

Bapanya Syed Musharrafuddin, bekerja pegawai kanan di Kedutaan Pakistan di Turki. Dari 1949 - 1956 banyak masanya dihabiskan di Turki. Musharraf berkahwin dengan Begum Sehba dari Okara dan mendapat anak lelaki bernama Bilal Musharraf. Bilal Musharraf merupakan mahasiswa di Universiti Stanford. Sementara anaknya Ayla Raza bekerja sebagai arkitek di Karachi dan mempunyai 4 cucu.